近日，湖北大学生命科学学院、省部共建生物催化与酶工程国家重点实验室杨平仿教授团队在期刊《Genomics Proteomics & Bioinformatics》上发表题为“Identifying RNA Modifications by Direct RNA Sequencing Reveals Complexity of Epitranscriptomic Dynamics in Rice”的研究论文，基于RNA直接测序技术（Direct RNA Sequencing，DRS），全面解析了水稻基因组中m⁶A和m⁵C两种RNA修饰在不同组织中的分布、表达等特征。

高通量的cDNA文库测序技术已广泛应用于转录组研究，大部分依赖于cDNA的RNA测序技术制约了对RNA修饰的检测能力，而RNA修饰是重要的基因转录后调控因子。本研究基于Nanopore平台的DRS对水稻六个不同组织中的全长转录本进行测序，鉴定到45707个全长转录本，实现了对同一基因不同剪切体的定量和差异分析。鉴定了各转录本m⁶A和m⁵C两种RNA修饰的位点，m⁶A和m⁵C均表现出组织特异性的修饰模式。被m⁶A修饰的转录本也倾向于被m⁵C修饰，RNA修饰与转录本表达以及poly(A)尾巴的长短都有很强的相关性。GO分析表明，m⁶A和m⁵C修饰的转录本参与多个核心代谢通路。大部分m⁶A和m⁵C修饰的位点分布于前人定位的水稻QTL内（图1），表明这些位点有重要的功能。该研究将为水稻功能基因组和表观转录组研究提供支撑。

图1. RNA修饰位点在基因组上的分布以及与QTL的共定位。

 论文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022923000347