①秸秆资源化利用，筛选高效降解木质素和纤维素的土著型微生物菌株，优化秸秆腐熟菌株发酵生产工艺，建立高效秸秆大田原位腐熟工艺技术，评价秸秆原位腐熟对作物高产和土壤微生态区系的影响机制；开发利用重金属污染土壤种植植物的秸秆生产生物酒精、丁二醇等生物能源产品；

②畜禽养殖废弃物资源化利用，筛选畜禽废弃物高温腐熟和脱臭微生物，研究高温快速发酵和脱臭机制及腐熟工艺；

③食品加工废弃物资源化利用，针对湖北省家禽养殖加工废弃羽毛和小龙虾养殖加工废弃虾壳污染难题，建立角蛋白酶、几丁质酶、壳聚糖酶等微生物高效表达生产体系，以及羽毛、虾壳废弃物资源化绿色环保加工技术。