工程中心依托湖北大学生物资源绿色转化湖北省协同创新中心和工业生物技术湖北省重点实验室，组建“环境生物修复部”，“废弃生物资源化利用部”，“新型生物材料创制与应用部”，“工程技术部”和“中心综合办公室”。“环境生物修复部”由“重金属污染土壤生物修复组”、“酸化板结土壤生物修复组”，“环境有机磷农药微生物降解组”组成；“废弃生物资源化利用部”由“秸秆资源化利用组”、“畜禽养殖废弃物资源化利用组”和“食品加工废弃物资源化利用组”组成；“环保生物材料创制与应用部”由“代谢工程组”、“聚γ-谷氨酸项目组”、“聚羟基烷酸酯项目组”和“生物表面活性剂项目组”组成；“工程技术研究部”由“发酵事业组”，“应用效果评价组”和“产品推广组”组成。